電子帳簿保存法とは？～法制度の概要と背景～
電子帳簿保存法（電帳法）は、1998年に施行された日本の法律で、企業が会計帳簿や証憑書類（請求書、見積書、領収書など）を電子データで保存することを認める法律です。デジタル化の流れに合わせて、紙の帳簿・書類の保管に代わる形で、電子保存による事務の効率化や業務の迅速化を推進する目的で制定されました。
特に2022年の改正により、電子取引に関するデータは紙での保存が不可となり、電子保存が義務化されました。対象となるのは、たとえば以下のようなケースです。
Eメールで受け取ったPDF形式の請求書
クラウドサービス経由でダウンロードした領収書
取引先とのWeb上の受発注データ
これらの「電子取引」に該当する文書は、電子的な方法で要件を満たして保存しなければ、税務上の証憑と認められなくなります。
電子保存には、以下のいずれかの保存要件を満たす必要があります。
真実性の確保（改ざんがないことの証明）
可視性の確保（いつでも閲覧・検索可能であること）
これらを実現するために、具体的には「タイムスタンプの付与」や「訂正・削除履歴の記録機能」、「日付・金額などの検索機能」などが求められます。
違反が発生しやすい具体的なケース
電子帳簿保存法違反は、単なる「うっかりミス」からシステム運用の不備、さらには意図的な隠蔽まで多様なパターンで発生します。主な違反事例は以下の通りです。
電子取引データを紙に出力して保存していた（2024年以降はNG）
スキャナ保存時にタイムスタンプを付与していなかった
訂正・削除履歴が残らないシステムで電子帳簿を管理していた
検索要件（取引日付・金額・取引先など）を満たしていない
税務調査時にデータの提示・ダウンロードに応じられなかった
違反するとどうなる？電子帳簿保存法違反の“本当のリスク”
電子帳簿保存法の要件を満たさずに保存されたデータは、税務署からの調査において正式な証憑とみなされず、経費や仕入税額控除の否認といった重大な税務リスクが発生します。
1. 青色申告の承認取消し
電子帳簿保存法違反が認定されると、青色申告の承認が取り消される場合があります3579。
青色申告の承認取消しによる影響
青色申告特別控除などの税制優遇措置が受けられなくなる
欠損金の繰越控除や繰戻し還付ができなくなり、税負担が増加
信用低下による金融機関・取引先との関係悪化
特に法人の場合、青色申告取消しは欠損金の繰越ができなくなり、資金繰りに直結する深刻な問題となります。
2. 追徴課税・重加算税
電子帳簿保存法違反が税務調査で発覚し、さらに帳簿の改ざんや隠蔽などの悪質な不正が認められた場合、通常の追徴課税に加え、重加算税が課されます。
重加算税の加重措置
通常の重加算税（追徴課税額の35%）に加え、電子データ保存やスキャナ保存に関する不正の場合はさらに10%加重（合計45%）
申告漏れや過少申告が発覚した場合、想定以上の税負担となる
また、帳簿の信頼性が損なわれると、税務署が推計課税（実際より高額な税額を推定で課税）を行う場合もあり、経営に大きな打撃となります。
3. 会社法違反による過料（罰金）
電子帳簿保存法自体には刑事罰はありませんが、会社法第976条により、帳簿保存義務違反として100万円以下の過料（罰金）が科されることがあります。
会社法違反の影響
最大100万円の過料（行政罰）が科される
社会的信用の低下（特に上場企業や大企業では深刻なイメージダウン）
取引先や金融機関からの信頼喪失
4. コンプライアンス違反・業務効率の低下
法令違反が社内外に知れ渡ることで、コンプライアンス意識の低い企業と見なされ、採用活動や新規取引にも悪影響が出る可能性があります。また、法令対応を怠ることで、業務効率化やDX推進の機会を逸することにもなります。
電子帳簿保存法対応の不備によって発生し得るリスク（想定事例）
1. 形式的な保存のみでタイムスタンプ未対応
A社では、すべての請求書をPDFでメール受領し、社内の共有フォルダに保存していました。
しかし、タイムスタンプの付与や検索機能、ログ保存の仕組みが整っておらず、形式的な保存にとどまっていました。
その結果、税務調査の際に一部の請求書が経費として否認され、追徴課税や過少申告加算税が課される可能性があります。
【ポイント】
電子帳簿保存法では、「検索性」と「真実性」の要件を満たす必要があり、単なる保存だけでは不十分です。
2. ツールを導入していたが、設定不備で要件未達
B社では、クラウド型の請求書管理ソフトを導入していましたが、「検索条件保存機能」が無効のままで、税務署が求める形式での検索・出力ができない状態でした。
そのため、電子保存とは認められず「保存不備」と判断され、
法人税の修正申告とともに追徴課税が発生する可能性があります。
【ポイント】
タイムスタンプの付与ツールの導入だけでは不十分であり、制度要件に沿った適切な運用が不可欠です。
これらは、電子帳簿保存法に対する理解不足や運用ミスから発生し得る典型的なリスク事例です。
電子保存の形式を整えるだけでなく、「検索性」「改ざん防止」「運用ルールの整備」といった要件を正しく満たすことが、安心した税務対応につながります。
違反を防ぐために企業が取るべき対応策
電子帳簿保存法に対応するためには、単にPDFを保存すればいいという時代は終わりました。
法的要件を満たすための具体的な環境整備が必須です。
（1）要件に準拠したシステム・サービスの導入
以下のような機能が求められます。
タイムスタンプの付与（3営業日以内など要件を満たす必要あり）
保存データの改ざん検知や履歴記録
日付・金額・取引先名での検索機能
フォルダ単位でのアクセス制限・ログ管理
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（2）社内ルールの整備と教育
実際にデータを扱う現場の社員が、何をどう保存すればよいかを理解していなければ、法令遵守は形だけのものになってしまいます。
よって以下が重要です。
電子帳簿保存法対応のフローを文書化
保存対象となる文書の明確化
運用ルールの定期的な見直し
経理・総務部門への継続的な教育・研修
（3）保存状況の定期的な検証
保存されたデータのうち、タイムスタンプが有効かどうかを一括検証する機能を定期的に使い、運用の抜け漏れや不備を早期に発見することも大切です。
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まとめ：見過ごされた「保存」の重要性
電子帳簿保存法は、単なる業務効率化のためのツールではなく、税務調査や訴訟において企業を守る防御壁でもあります。形式的に保存しているだけでは不十分で、「いつでも証明できる」状態にしておかなければ、大きなリスクに直面しかねません。
実例で見たように、どれだけ日常業務でデジタル化が進んでいても、その運用が不適切であれば法令違反とみなされ、高額な課税や信頼の失墜につながります。
今後は、電子帳簿保存法を「守らなければならない義務」ではなく、「企業防衛と業務効率を両立する戦略的ツール」として捉え、積極的な対応を進めることが、企業の健全な成長につながると言えるでしょう。
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